課程名稱

撰寫計畫美圖好幫手-高通量基因體資訊分析軟體 Partek Flow教育訓練

時間： 113.10.16(三) 13:00-16:00-基礎課程-手把手找出Biomarker【課程講義下載】

時間：113.11.13(三) 13:00-16:00-進階課程-探索未知Biomarker與細胞功能【課程講義下載】

報名網址   https://forms.gle/WAEwbpfE1oJ2fzcA6

地點：國際研究大樓 五樓IR503電腦教室

特色及應用

次世代定序所產生龐大的資料量，在資料分析時常造成生物背景的研究者的困境，

而「高通量基因體資訊分析軟體 Partek Flow 」專注於NGS高通量數據開發的綜合分析軟體，

支援RNA-seq、single-cell RNA-seq、ATAC seq、ChIP seq、Metagenomic Seq等，

並整合多種常見的分析流程(如BWA, Bowtie, STAR, TopHat等)、統計模型(如T-test, Anova等)、

圖型化的介面(如Chromosome View、Dot Plot、Volcano Plot、Hierarchical clustering, Violin Plot等)

以及直覺式的分析流程設計，讓基因體學的研究人員無需藉由程式語言也能完成數據分析。

--- 第一場教育訓練將手把手帶領使用者遵照計畫撰寫的邏輯，將Bulk NGS從檔案上傳、初步分析並找出目標基因群，

完整產出一系列的圖，更進一步從目標基因群進階分析產出與計畫目的相關的分析數據圖組。

此外，「高通量基因體資訊分析軟體 Partek Flow 」亦支援新興Single-cell RNA expression研究分析。

--- 第二場教育訓練將帶領使用者學習兩種研究方法的分析技巧，讓使用者找出樣品細胞組成差異、

特定基因在不同細胞中的RNA表現量，並觀察特定細胞群中(subgroup)基因表現量、生理功能的差異。

其中「Trajectory Analysis」功能將不同的細胞群依照基因的表達量來預測發育細胞的分化軌跡或細胞的演化過程，

可以藉此區分樣品中的親代細胞（如幹細胞）及分化後的細胞類型。

本教育訓練課程將藉由「高通量基因體資訊分析軟體 Partek Flow 」的協助，

帶領各位研究人員了解定序數據分析方法與應用成果，將更進一步幫助您於未來各項計畫案中有更新穎之研究規劃與數據呈現。

 教育訓練議程表

上課日期	時間	課程內容	地點
113.10.16(三)	12:40-13:10	學員報到	國研大樓 五樓 IR503電腦教室
	13:10-13:30	Partek Flow軟體 introduction
	13:30-15:45	Bulk RNA-seq hands-on
	15:45-16:00	Q&A
113.11.13(三)	12:40-13:10	學員報到
	13:10-15:45	Single cell RNA seq hands-on
	15:45-16:00	Q&A

-本教育訓練採實名制，可自備筆電亦可使用電腦教室電腦，現場發與40名hands-on demo帳號-

注意事項

1. 請於113.11.08 PM16:00前，於研究資源整合發展中心網站線上報名。

2. 若有任何問題可與本中心洪志昌先生聯繫 分機：2370#25。

儀器/課程諮詢

管理人員：洪志昌 分機：2370#25

中心主任：林英琦 分機：2012