應用功能 & 儀器規格
【快速上手 PartekFlow】
PartekFlow
Partek Flow 專注於NGS高通量數據開發的綜合分析軟體,
支援RNA-seq、single-cell RNA-seq、DNA-seq、ATAC seq、ChIP seq、Metagenomic Seq,
並整合多種常見的分析流程 (例BWA, Bowtie, STAR, TopHat等)及統計模型(例T-test, Anova等),
圖型化的介面(例Chromosome View、Dot Plot、Volcano Plot、Hierarchical clustering等)
以及直覺式的分析流程設計,讓基因體學的研究者們無需藉由程式語言也能完成數據分析。
Partek Flow支援新興single-cell RNA expression研究分析,
可了解特定基因在不同細胞中的RNA表現量,並觀察特定細胞群中(subgroup)基因表現量的差異。
其中Trajectory Analysis功能將不同的細胞群依照基因的表達量來預測發育細胞的分化軌跡或細胞的演化過程,
可以藉此區分樣品中的親代細胞(如幹細胞)及分化後的細胞類型。
儀器放置位置
國際學術研究大樓8樓研究資源整合發展中心IR834室-中心辦公室
申請流程 & 注意事項
PartekFlow線上預約系統
注意事項:
【快速上手 PartekFlow】
1. 預約前,請先查看該時段是否已被預約,請勿預約同時段
2. 每個預約時段,只能一位使用者登入使用,務必於預約的時段登入,並請勿超時,以免影響下一位預約者的時間
3. 請於使用前二日先填寫預約表單,以利密碼寄送,若當天欲使用,請來電洽詢
4. 如於星期六、日者預約,則於星期一才會將時間排上;請勿於星期六、日預約當日使用時段,因非上班時間無法寄送密碼
5. 預約期限為2週內,若預約日期超過二週,則不予預約
6. 新手預約請先下載: PartekFlow遠端連線操作手冊(新) 下載
7. 線上影音學習:請連結
使用規則 & 收費標準
高階生物資訊軟體預約繳費申請單 【繳費單下載】
* 使用規則及注意事項:
1.付費後之軟體使用權時效以【實驗室指導教授】為單位,可授權給實驗室中4位相關人員使用(含指導教授)。
2.軟體採線上預約制,預約前須自行查看該時段是否已被預約,請勿預約同時段使用。
每個預約時段,僅一位使用者登入使用,務必於該時段登入使用勿超時,以免影響下一位預約者時間。
3.欲使用軟體者,建議請於使用前二日填寫預約表單,以利寄送系統帳號密碼;預約期限以2週內為限,超過則不予已受理。
4.如於星期六、日或國定假日預約者,僅於上班日方可安排,亦請勿於非上班時間預約使用當日時段。
※ 上述服務如遇設備或網路維護將公告並暫停使用。每季統計該帳號空間使用情況,並通知清理空間
※ 本中心僅提供服務,客戶於運算資源內所存放之重要資料,請自行妥善保存。
收費標準:
軟體名稱
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使用時效
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單價
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合計(元)
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□ Partek Flow
高通量基因體資訊分析軟體
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□ 每學年度
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12,000
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□ 每三個月
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4,000
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□ 每小時
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50
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實驗範例